امام باقر علیه‌السلام درباره آیه «یا أیُّهَا الَّذینَ آمَنواْ اسْتَجیبواْ لِلَّهِ وَ لِلرَّسولِ إذا دَعاکُمْ لِما یُحْییکُم»{ای اهل ایمان! هنگامی که خدا و پیامبرش شما را به حقایقی که به شما زندگی می‌بخشد، دعوت می‌کنند اجابت کنید}(انفال/24) فرمود: این آیه درباره ولایت علی علیه‌السلام نازل شده است.
امام باقر علیه‌السلام: آیه 24 سوره نحل به این شکل توسط جبرئیل نازل شد: «وَ إذا قیلَ لَهُم ماذا أنزَلَ رَبُّکُمْ [فی عَلیٍّ] قالواْ أساطیرُ الْأوَّلین»{هنگامی که به آنها گفته شود: پروردگار شما [درباره علی] چه نازل کرده است؟ می‌گویند: اینها همان افسانه‌های دروغین پیشینیان است!»}.
امام باقر علیه‌السلام درباره مفهوم آیات «وَ الَّذینَ یَدْعونَ مِن دونِ اللَّهِ لا یَخْلُقونَ شَیْئاً وَ هُمْ یُخْلَقونَ* أمْواتٌ غَیْرُ أحْیاءٍ وَ ما یَشْعُرونَ أیّانَ یُبْعَثونَ * إلٰهُکُمْ إلٰهٌ واحِدٌ فَالَّذینَ لا یؤْمِنونَ بِالآخِرَةِ قُلوبُهُمْ مُنْکِرَةٌ وَ هُمْ مُسْتَکْبِرونَ * لا جَرَمَ أنَ اللَّهَ یعْلَمُ ما یسِرّونَ وَ ما یعْلِنونَ
امام باقر علیه‌السلام: منظور از «حسنه» [در قرآن]، ولایت علی علیه‌السلام و محبت اوست و منظور از «سیّئه» [در قرآن]، دشمنی با او و نفرت از او است، و خدا با وجود دشمنی و نفرت از او، هیچ عملی را از انسان نمی‌پذیرد. منظور از آیه «وَ مَن یَقْتَرِفْ حَسَنَةً
امام باقر علیه السلام درباره شأن نزول آیات «ن وَ الْقَلَمِ وَ ما یسْطُرونَ * ما أنْتَ بِنِعْمَةِ رَبِّکَ بِمَجْنونٍ * وَ إنَّ لَکَ لَأجْراً غَیرَ مَمْنونٍ * وَ إنَّکَ لَعَلىٰ خُلُقٍ عَظیمٍ * فَسَتُبْصِرُ وَ یبْصِرونَ * بِأیِّکُمُ الْمَفْتونُ»{ن، قسم به قلم و آنچه می‌نویسند که به نعمت پروردگارت
امام باقر علیه‌السلام در مورد آیه «یُریدُ اللَّهُ بِکُمُ الْیُسْرَ وَ لا یُریدُ بِکُمُ الْعُسْر»{خدا برای شما آسانی می‌خواهد و برای شما دشواری نمی‌خواهد.}(بقره/185) فرمود: منظور از «آسانی» علی علیه‌السلام و منظور از «دشواری» فلانی و فلانی هستند. پس، هر که فرزند آدم باشد، داخل ولایت فلانی و فلانی نمی‌شود
ابوحمزه ثمالی: امام باقر علیه‌السلام آیه 170 سوره نساء را این‌طور قرائت کرد: «یا أیُّها النّاسُ قَدْ جاءَکُمُ الرَّسولُ بِالْحَقِّ مِن رَبِّکُمْ [فِی وَلَایَةِ عَلِیٍّ] فَآمِنواْ خَیراً لَکُمْ وَ إن تَکْفُرواْ [بِوِلایَتِهِ] فَإنَّ لِلَّهِ ما فِی السَّماواتِ وَ الْأرْضِ وَ کانَ اللَّهُ عَلیمًا حَکیمًا»{ای مردم! پیامبر، حق را [درباره ولایت
امام باقر علیه‌السلام: آیه 90 سوره بقره به این شکل بر رسول خدا صلی‌الله‌علیه‌وآله نازل شد: «بِئْسَمَا اشْتَرَوْاْ بِهِ أنفُسَهُمْ أن یَکْفُرواْ بِما أنزَلَ اللَّهُ [فِی عَلِیٍّ] بَغْیًا أن یُنَزِّلَ اللَّهُ مِن فَضْلِهِ عَلیٰ مَن یَشاءُ مِنْ عِبادِهِ فَباءوا بِغَضَبٍ عَلیٰ غَضَبٍ وَ لِلْکافِرینَ عَذابٌ مُهین»{آنها در مقابل بهای بدی،
جابر جُعفی: از امام باقر علیه‌السلام درباره آیه «فَلَمّا جاءَهُم ما عَرَفواْ کَفَرواْ بِهِ فَلَعْنَةُ اللَّهِ عَلَی الْکافِرین»{هنگامی که این کتاب و پیامبری را که از قبل شناخته بودند نزد آنها آمد، به او کافر شدند؛ لعنت خدا بر کافران}(بقره/89) پرسیدم، فرمود: تفسیر باطن آن این است: وقتی بر آنچه
جابر جُعفی: از امام باقر علیه‌السلام درباره تفسیر آیه «وَ آمِنواْ بِما أنزَلْتُ مُصَدِّقًا لِما مَعَکُمْ وَ لا تَکونواْ أوَّلَ کافِرٍ بِه»{به آنچه نازل کرده‌ام ایمان بیاورید، که نشانه‌های آن، با آنچه در کتابهای شماست، مطابقت دارد. و اولین منکر آن نباشید}(بقره/41) پرسیدم که آیا در معنای باطنی، منظور فلانی
